Citroenzuur komt voor in verschillende soorten groenten en fruit, met name citrusvruchten. Citroenen en limoenen hebben bijzonder hoge concentraties van het zuur; het kan maar liefst 8% van het droge gewicht van deze vruchten uitmaken (ongeveer 47 g / L in de sappen) De concentraties citroenzuur in citrusvruchten variëren van 0,005 mol / L voor sinaasappels en grapefruits tot 0,30 mol / L in citroenen en limoenen; deze waarden variëren binnen soorten afhankelijk van de cultivar en de omstandigheden die werden gekweekt.
Citroenzuur werd voor het eerst geïsoleerd in 1784 door de chemicus Carl Wilhelm Scheele, die het uit citroensap kristalliseerde
De productie van citroenzuur op industriële schaal begon in 1890 op basis van de Italiaanse citrusvruchtenindustrie, waar het sap werd behandeld met gehydrateerd kalk (calciumhydroxide) om calciumcitraat te bespoedigen, dat werd geïsoleerd en omgezet in het zuur met behulp van verdund zwavelzuur. In 1893, C. Wehmer ontdekte dat Penicillellomaltus mold citroenzuur uit suiker kon produceren. ]Echter, microbiële productie van citroenzuur werd niet industrieel belangrijk tot de Eerste Wereldoorlog verstoorde de Italiaanse Citrus export.citation needed

In 1917 ontdekte de Amerikaanse voedselchemicus James Currie dat bepaalde stammen van de schimmel Aspergillus niger efficiënte citroenzuurproducenten konden zijn, en het farmaceutische bedrijf Pfizer begon de productie op industrieel niveau met deze techniek twee jaar later, gevolgd door Citrique Belge in 1929. In deze productie techniek, die nog steeds de belangrijkste industriële route is naar citroenzuur die vandaag wordt gebruikt, worden culturen van Aspergillus niger gevoed met een sucrose of glucose – met een medium om citroenzuur te produceren. De bron van suiker is maïsschenklipeper, melasse, gehydrolyseerd maïszetmeel of andere goedkope, koolhydraatoplossing. ]Nadat de mal uit de resulterende suspensie is gefilterd, wordt citroenzuur geïsoleerd door het te bespoedigen met calciumhydroxide om calciumcitraatzout op te geven, waaruit citroenzuur wordt geregenereerd door behandeling met zwavelzuur, zoals in de directe extractie van citrusvruchtensap.citation needed


In 1977 werd een patent verleend aan Lever Brothers voor de chemische synthese van citroenzuur, te beginnen met aconitic of isocitraat (ook wel alloisocitraat genoemd) calciumzouten onder hoge druk; dit produceerde citroenzuur in bijna kwantitatieve omzetting onder wat een omgekeerde, niet-en-en-en-merkte Krebs-cyclusreactie leek te zijn.
Hoewel de productie van citroenzuur op industriële schaal door chemische synthese of extractie van citrusvruchten beide haalbaar is, is fermentatie door schimmels (en soms gisten) bijna uitsluitend de enige methode die daadwerkelijk wordt beoefend
De wereldwijde productie was meer dan 2.000.000 ton in 2018.Meer dan 50% van dit volume werd geproduceerd in China. Meer dan 50% werd gebruikt als een zuurteregelaar in dranken, ongeveer 20% in andere voedseltoepassingen, 20% voor het aanbrengen van detergenten en 10% voor andere toepassingen dan voedsel, zoals cosmetica, geneesmiddelen en in de chemische industrie.
