Er zijn verschillende definities voor het woord matrix.
Ten eerste kan een matrix omschreven worden als een moederweefsel waaruit een orgaan, tumor of ander weefsel ontstaat.
Ten tweede kan het omschreven worden als de plaats van oorsprong. Beide definities kunnen verwijzen in de film naar de cocons waar de mensen in vast zitten en opgroeien.
Een derde definitie van het woord matrix is in zijn algemeenheid een twee-dimensionaal stelsel dat een belangrijk wiskundig hulpmiddel is voor het oplossen van stelsels van vergelijkingen. In de elektronica wordt dit begrip gebruikt voor het aanduiden van een schakeling, die bestaat uit x horizontale lijnen en y verticale lijnen en waartussen op bepaalde kruispunten verbindingen worden aangeduid. In de film ziet Neo verscheidene keren de virtuele wereld als een aaneenschakeling van getallen in drie dimensies. Hij ziet dan eigenlijk het informaticaprogramma dat de machines gebruiken om de virtuele wereld te creëren. De matrix verwijst dan naar dit informaticaprogramma in drie dimensies.